Configuração de sistema
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O arquivo de configuração de sistema (arquivos com extensão no formato *.jap) contém informações gerais sobre a execução do JAMS. Isto inclui:
- debug=<0..3>: a extensão de informação a qual é dada como saída do sistema de execução ou a partir dos componentes (0=sem saída, 3=potência máxima)
 - verbose=<0,1>: um 'flag' que dertermina se informações e avisos de erro serão mostradas na linha de comando
 - infolog=<filename>: nome do arquivo de protocolo de informações (se for deixado em branco, nenhum arquivo será gravado)
 - errorlog=<filename>: nome do arquivo de protocolo de erro (se for deixado em branco, nenhum arquivo será gravado)
 - libs=<dir1|jar1;...;dirN|jarN>: uma lista separada por vírgulas que contém os diretórios e/ou as bibliotecas que devem estar disponíveis durante o tempo de execução do JAMS (ao nomear diretórios, todas as bibliotecas neles serão consideradas)
 - windowenable=<0,1>: um 'flag' determina se uma janela modelo será mostrada
 - windowwidth=<size in pixels>: largura da janela do modelo
 - windowheight=<size in pixels>: altura da janela do modelo
 - windowontop=<0,1>: um 'flag' que determina se a janela está sempre em primeiro plano
 - guiconfig=<0,1>: um 'flag' que determina se o JAMS Launcher é mostrado
 - guiconfigwidth=<size in pixels>: largura da janela do JAMS Launcher
 - guiconfigwidth=<size in pixels>: altura da janela do JAMS Launcher
 - errorlog=<0,1>: um 'flag' determina se os erros ocorridos são mostrados em uma caixa de diálogo
 
A maioria dos parâmetros listados podem ser editados através do menu Extras -> Edit Options do JAMS Launcher ou do Editor do modelo. Neste ponto, é também possível salvar ou carregar arquivos de configuração de sistema.